Die Oberschicht der Stadt hatte nun mit den Aufständischen zu verhandeln, nachdem diese ihre Macht gegen den Bischof eindringlich demonstriert hatten, wozu ein vierer Ausschuss gebildete wurde, der die Revolte durch Verhandlungen in gemäßigte Bahnen lenken sollte. Die Oberschicht Brixens wollte die Kontrolle über die Ereignisse und die Aufständischen gewinnen, um Bischof Sprenz zu umgehen und direkt dem Landesfürsten einen Katalog von Forderungen abzupressen, bei gleichzeitiger Versicherung der Ruhe und Ordnung in Brixen. Erst in dieser Phase schließt sich Gaismair dem Bürgerausschuss an und wurde alsbald in den vierer Ausschuss gewählt, um mit den aufrührerischen Gemeinden zu verhandeln. Dessen ungeachtet zogen etwa 5000 Mann in Brixen ein, plünderten und besetzten die Hofburg, wo sie die bischöflichen Beamten hinausjagten. Am 12. Mai wurde von denselben Kräften das Kloster Neustift besetzt bzw. in weiterer Folge geplündert. Nachdem Gaismair einen Tag später zum Obersten Feldherren der aufständischen Bauern gewählt worden war, übernahm er die Leitung des bischöflichen Territoriums (der ehemalige Brixner Bischof war mit 70 Prozent am Vermögen der Fugger beteiligt gewesen). „Ein 20er Ausschuss mit je zehn bürgerlichen und bäuerlichen Verordneten wurde ihm zur Seite gestellt. Das frühere Vierer-Gremium ging offenbar im Zehner-Ausschuss der Bürger auf. Einen Tag später trug der neu gewählte oberste Feldhauptmann den in Neustift versammelten Anführern die >>Ordnung über alle Beschwerungen<< vor, und seit jenem Tag verhandelten er und der 20er Ausschuss mit landesfürstlichen Kommissaren über einen Waffenstillstand."[49] Die erwähnte „Ordnung" sah die grundlegende Umgestaltung der Gesellschaft nach bäuerlichen Interessen vor, stammte aber nicht aus der Feder Gaismairs und ließ die Interessen der Bürger bzw. Gewerken unberücksichtigt.

Gaismair erreichte die Einberufung eines Teillandtags in Neustift, der den Waffenstillstand schließlich akzeptierte und die Fortsetzung der Verhandlungen beschloss, während er im Stillen die aufständischen Bauern mit angeworbenen Kriegsknechten vertauschte, die den Eid Gaismair selbst geschworen hatten. Dennoch ging er keinen direkten, offenen Konflikt mit Ferdinand ein, er wollte sich den Weg für eine Einigung mit dem Landesfürsten offen halten, ja er leistete Ferdinand sogar pflichteifrig Gehorsam, lediglich die erbeuteten Kirchengüter gab er nicht zurück. Die Motivation diesem Aufstand in vorderster Front zu unterstützen, dürfte für den bischöflichen Schreiber die Aussicht auf einen gesellschaftlichen Aufstieg gewesen sein, auch wenn das gesamte Unterfangen schlecht ausgehen sollte. „Eine Sanktion durch den Landesfürsten war wegen der Zugehörigkeit zum bürgerlich- gemäßigten Flügel der Opposition, kaum zu befürchten. Eine uneingeschränkte Amnestie bildete keineswegs die Ausnahme. Ferdinand und der Erzbischof von Salzburg gewährten mehreren >>Bauernführern<< bald nach dem Bauernkrieg wieder volle Rechte und übernahmen sie sogar in leitende Positionen."[50] In diesem Sinne beschwichtigte Gaismair die radikalen Gruppen der Aufständischen, damit diese nicht die Verhandlungen der Bürger mit dem Landesfürsten stören konnten. „Seit dem 5. Juli verhandelten landesfürstliche Kommissare und die Brixener um die Übergabe des Bistums an Ferdinand. Obwohl Ferdinand die Oberherrschaft vorerst nur bis zur Einberufung des nächsten Konzils übernehmen wollte, willigten die Bürger ein. Als landesfürstliche Untertanen konnten sie erwarten, wenigstens von den drückendsten Auswirkungen klerikaler Herrschaft befreit zu werden. [...] Einen weltlichen Hauptmann erhielten die Brixener sofort: freilich nicht Gaismair, sondern Georg von Firmian. Unter diesem für sie günstigen Vorzeichen konnten die Brixener den 20er- Ausschuss aufgeben, zumal sie nicht beabsichtigten, sich weiterhin den Belangen der Bauern zu widmen."[51] Gaismair brach endgültig mit den Bürgern, als diese die Stadt an Ferdinand übergaben, weil er seines Postens enthoben worden war. In Realität war den Bürgern Brixens bereits früher klar geworden, Gaismairs als direkter Verhandlungspartner zu Ferdinand zu umgehen und so schworen am 19. Juni die in Brixen versammelten Gerichte dem Landesfürsten ihren Gehorsam.

So kam es ohne die entscheidende Beteiligung Gaismairs zur Einberufung eines Landtags in Innsbruck im Juni 1525, an dem ein gemäßigtes Punkteprogramm der Bauernvertreter angehört und möglichst viele ihrer Forderungen in geltendes Recht umgesetzt werden sollte. „Neben den Anhängern Gaismairs findet sich in Tirol auch eine gemäßigte Richtung [sic.], welche in den 64 Meraner Artikeln [sic.] ihr Programm proklamierte. Vor allem forderte sie ein einheitliches Bauernrecht. Die bäuerlichen Vertreter in den Landtagen suchten das Meraner Programm durchzusetzen, doch wirkte sich die Niederlage der Bauern in den Nachbarländern [vor allem in Salzburg; Anm.] bei den Verhandlungen ungünstig aus. Die neue Landesordnung von 1526 [sic.] erfüllte wohl etliche Forderungen der Bauern, wurde aber nach einigen Jahren wieder zu Ungunsten dieses Standes geändert."[52] In diesem Sinne verlangten die unteren Stände eine Erweiterung der 62 Meraner Artikel zu 96 Innsbrucker Artikeln, anlässlich der Abhaltung des Landtags, seit dem 12. Juni 1525, und „[...] am folgenden Tag wurden von den Städten und Gerichten die beiden so genannten oberen Stände, Adel und Prälaten, von den Verhandlungen ausgeschlossen. Zehn Tage nach Eröffnung des Landtags trug der Bürgermeister von Innsbruck in Anwesenheit von Erzherzog Ferdinand 96 Beschwerden des Landes Tirol vor, die zur Grundlage der weiteren Verhandlungen gemacht wurden."[53] Inhaltlich forderten die Brixener vom Tiroler Regenten Erzherzog Ferdinand I. neben der Erstellung eines Gesetzbuches, das für jeden Untertanen gleich gültig sein sollte, den Privilegienabbau der Adligen, was sich im Schleifen der Burgmauern als sichtbares Zeichen manifestieren sollte. Zusätzlich verlangten die Abgeordneten eine freie Wahl der Richter durch die jeweiligen Gemeinden und deren faire Besoldung, wodurch sie von Strafeinnahmen unabhängig gemacht werden sollten. Die Abschaffung der weltlichen Macht der Kirche wurde ebenso gefordert, wie die Wahl der Pfarrer durch das Volk, auch sollten die Abgaben an die Kirche nur für soziale Einrichtungen verwendet werden. Vor allem bei den letzten Punkten bemerkt man den Einfluss des reformatorischen Gedankenguts, das als konkrete Reaktion gegen kirchliche Missstände der damaligen Zeit verständlich erscheint. „Aber auch die bau- und kunstfreudige Renaissancehofhaltung und das großstilige politische und diplomatische Wirken des Kardinals Bernhard von Cles, seit 1514 Trienter Fürstbischof, verschlang beträchtliche Summen. [...] Die Klöster galten, damals wohl größtenteils zurecht, mehr als Versorgungshäuser des Adels und als vom Volk lebende Parasiten, denn als religiöse und kulturelle Zentren. Viele weltgeistliche Pfründeinhaber sahen in ihrem Amt zuerst die Einnahmequelle, kaum die priesterliche Aufgabe."[54]

Zusammenfassend ist zu bemerken, dass bei diesem Landtag keine Solidarisierung der Bauern mit Bürgern oder gar den Bergknappen gelungen war, obwohl diese bereits zuvor ähnliche Forderungen bzw. Klagen an den Landesfürsten herangetragen hatten. „Die Faktoren, welche die Bergleute von den Bauern trennten, waren derart stark, dass selbst auf dem Innsbrucker Landtag sich zwar die bürgerlich-bäuerliche Mehrheit für die Zulassung der Knappen entschied, aber diesen kein Stimmrecht gewährte."[55] Standesdünkel, wirtschaftliche Rivalität und politischer Eigennutz dürften die entsprechenden Motive dafür gewesen sein, dass Ferdinand mit der Strategie der ungehaltenen Versprechungen Erfolg haben konnte. „Der Innsbrucker Landtag war immerhin der einzige der Bauernkriege, der die Verhandlungen ungestört zu Ende führen konnte, und wo zumindest kleine Zugeständnisse für die Bauern erreicht wurden."[56] Diese wurden in der neuen Landesordnung von 1526 ratifiziert und enthalten neben der Erweiterung des bäuerlichen Erbrechtes, Neuordnung des Handels und eine Transparente Handhabung der Gerichtsbarkeit. „Entscheidend ist, dass die Landesordnung die Krise des Ständestaates in Tirol überwinden half und die Belastungen auf ein Niveau heruntergedrückt wurden, das sich mit dem Alten Herkommen harmonisieren ließ. Damit fand Tirol den Ausgleich auf der Basis der älteren Beschwerden."[57]

Nachdem der Landtag nun mit einem Kompromiss geendet hatte und Brixen vorerst landesfürstliches Territorium wurde, zerschlugen sich alle persönlichen Hoffnungen Gaismairs. Zuvor hatte er noch versucht Bischof Sprenz von sich zu überzeugen, nachdem dem „obersten Feldhauptmann" die Machtbasis entzogen worden war - opportunistisch versuchte Gaismair in den bischöflichen Dienst zurückzukehren, was aber durch die Entmachtung des Bischofs sinnlos wurde. „Übrig blieb jetzt nur noch eine Einigung mit Ferdinand um jeden Preis. Unter diesem Vorzeichen folgte Gaismair - wenn auch zögernd - Ferdinands Einladung vom 11. August."[58] Offiziell sollte er dem Landesfürsten lediglich berichten, warum einige Gerichte sich noch nicht Ferdinand unterstellt hatten, in Wirklichkeit aber wurde er angeklagt, die Brixener Kirchenschätze noch nicht rückerstattet zu haben. Daraufhin wurde Gaismair inhaftiert, aber nach mehreren Wochen in Gefangenschaft gelang ihm am 6./7. Oktober die Flucht. „Es herrschte stillschweigende Übereinkunft, dass Gaismair als Sündenbock herhalten sollte, eine Rolle, zu der er wegen der Unterschlagungsaffäre und wegen des Umstandes, dass ihm in Brixen eine familiäre oder soziale Basis im Besitzbürgertum fehlte, geradezu prädestiniert war."[59] Überall wurden Spitzel ausgesandt und Fallen errichtet, Gaismair aber kündigte Ferdinand den Gehorsam auf, um dem Landesfürsten und dem Adel die Fehde anzusagen. Einige radikalere Bauernanführer wollten sich mit dieser politischen Situation und für sie verlorenen Chance auf Besserstellung aber immer noch nicht abfinden, hatten aber andererseits ohne strategische Führung keine Chance lange zu überleben. „Der Landesfürst hat am 18. Oktober 1525 den Hofrat in Innsbruck angewiesen, die aufständischen Bauern >>ohne Erbarmen zu erstechen und zu erwürgen, ihre Häuser zu verbrennen, den Flüchtigen aber Weib und Kind nachzujagen<<."[60]