Ist heute der Transport von Waren billiger, als sie in einem Warenlager unterzubringen, so unterscheidet sich diese Situation im Mittelalter grundsätzlich. Warentransporte waren extrem teuer weshalb Gebrauchsgüter generell vor Ort erzeugt wurden und nur Luxus- und hochpreisige Waren mit Wagen oder Tragtieren über längere Strecken transportiert wurden.
Eine Ausnahme bildete der Wasserweg, vor allem die Binnenschiffahrt. Zumeist wurden die Waren am Verschiffungsort verladen und mitsamt dem Floß am Zielort verkauft. Neben dem Flößen wurde Holz auf unschiffbaren Wasserwegen zu Bestimmungsorten geschickt, wo es mit Rechen aus dem Wasser gefischt wurde.
Der Inn wurde schon zur Zeit der Römer für Transportzwecke genutzt. Der Fluss war zu dieser Zeit noch nicht verbaut und speiste viele Seitenarme und Auen mit Wasser, wodurch die Fließgeschwindigkeit stark herabgesetzt war.
Die regelmäßige Nutzung der Innschifffahrt begann im 13. Jahrhundert, um bayrische Klöster zu versorgen. Die Schiffslinien gingen früher weiter westlich, erst 1307 wurde in Hall ein Rechen errichtet. Die aufstrebende Saline in Hall benötigte für das Sudhaus immer größere Mengen an Holz, welche durch die umgebenden Wälder nicht gedeckt werden konnten. Deshalb wurde im Tiroler Oberland und später auch im Engadin Holz geschlagen und über den Inn bis Hall transportiert, wo der Rechen ein Weiterschwimmen der Stämme verhinderte. Daneben wurde aber auch mit kleinen Flößen Nahtransporte von schweren Gütern durchgeführt, wie das Haller Raitbuch beim Neubau des Eglhauser Tores beschreibt. Damals wurde Stein vom Thaurer Steinbruch auf diese Art nach Hall gebracht.
Die Güter welche von Hall in Richtung Osten gebracht wurden, waren Salz, Silber, Wein, Glas, Kupfer und Stein aus den dem Inn angrenzenden Steinbrüchen. Die Metalle wurden bei Schwaz verladen. In die Gegenrichtung wurden Getreide, Fleisch und Fett transportiert, vor allem für die Versorgung der Bergbaubetriebe. Salz stellte ein nicht so wichtiges Transportgut dar, wie die Fördermengen vermuten lassen. Das weisse Gold wurde vor allem nach Schwaben verkauft. Stattdessen war Hall ein bedeutender Umschlagplatz für Wein und exportierte Glaserzeugnisse aus den Glasbläsereien vor Ort.
Lenden (Häfen) gab es in Tirol an folgenden Orten: Hall als Kopfstation, Schwaz mit einer Zollstation, Kastengstatt bei Wörgl und Kufstein. Schwaz und Wörgl wurden vor allem zu Versorgung der Bergwerksbetriebe genutzt, Kufstein konnte sich jedoch nie durchsetzen, da das Umschlagsrecht (Zwang zur Umlagerung der Waren auf Transportmittel der jeweiligen Gemeinde), welches 1393 verliehen wurde, nie auf den Wasserweg ausgedehnt wurde.
Zur Organisation der Schiffer entwickelte sich in Hall eine Schifferzunft, welche bereits 1393 nachweisbar ist. Trotzdem blieb in diesem Gewerbe bis ins 16. Jahrhundert Konkurrenz und ein damit verbundener Kampf um Kunden erhalten. Erst im 16. Jahrhundert wurde eine Ordnung eingeführt, nach der jedem Unternehmer gleich viele Fuhren zugesichert wurden.

Eine nicht unwesentliche Rolle in der Tiroler Wirtschaft zu dieser Zeit stellte auch das Schopper- und Schiffsbaugewerbe. Der Schwerpunkt dieser handwerklichen Betriebe lag im Tiroler Unterland, wo auch eine Zunft für die Gerichte Rattenberg und Kufstein eingerichtet wurde. Schiffsbauer aus Hall und Schwaz waren dieser Zunft nicht angeschlossen. In diesen beiden Städten wurden vor allem kleinere Schiffe wie Plätten, Traunzillen, Buchen und Rennschiffe gebaut. Diese hatten einen geringen Tiefgang und waren daher nicht geeignet, flussaufwärts wieder zurückgebracht zu werden. Diese Schiffstypen wurden zumeist am Bestimmungsort als Bauholz oder zum weiteren Transporten flussabwärts verkauft. In anderen Orten im Unterland, vor allem im Angath, wurden alle Arten von Flussschiffen hergestellt, so auch die Klohzillen, welche den größten Binnenschiffstyp darstellten. Die Dimension dieses Typs wird ersichtlich, wenn man sich vor Augen führt, dass darauf 240 Soldaten mit Ausrüstung verladen werden konnten. Die Klohzillen wurden bei der Fahrt flussabwärts vor andere Typen gespannt und bildeten das Führungsschiff, auf dem auch die Mannschaft untergebracht war. Diese Schiffe waren auch für den Rückweg geeignet.

Richtung Westen wurden die Schiffe von Zugtieren gezogen. Diese benutzten Leinpfade oder Schiffsritte, welche aufgrund oftmaliger Veränderungen des Flussbettes immer neuen Wegen folgten. Als Zugtiere wurden vor allem Pferde verwendet, wobei bei großen Transporten bis zu 50 Pferde die Bootskonvois zogen. War die Fahrt von Hall nach Kufstein in ein paar Stunden zu schaffen, so benötigte man für die Gegenrichtung im Durchschnitt fünf Tage.

Daneben gab es in eingeschränkter Form auch Seetransport Richtung Oberland. Schiffbar war der Inn dort bis Mötz beziehungsweise Telfs. Verwendet wurden kleine Flohzillen, in denen in erster Linie Salz transportiert wurde. Aufgrund des großen Aufwandes wurde aber zumeist der Landweg gewählt.

Die Stadt Hall profitierte neben den Erlösen aus dem Salzverkauf auch an ihrer zentralen Lage im Transitverkehr zwischen Nord Süd. Wurden Waren über die Route Kufstein-Brenner gebracht, mussten die Händler die Waren in Hall deponieren und dort zum Verkauf anbieten, wobei die Haller Kaufleute das Vorkaufsrecht hatten. Erst nach einer gewissen Zeit durfte er mit den restlichen Waren weiterziehen. Wenn Waren über das Wasser die Stadt erreichten, so trat die ÑLendordnungì in Kraft. Grundlegend bedeutete dies dasselbe wie das Stapelrecht, jedoch musste die Ware direkt vom Schiff verkauft werden. Im Falle eines Ñstarken Bedürfnissesì der Stadt konnte auch ein Preis dem Händler aufoktroyiert werden.
Dazu kam noch das Umschlagsrecht, welches die durchziehenden Kaufleute zwang, Waren auf stadteigene Transportmittel umzuladen. Für den Wasserweg galt dieses Recht vor allem Innabwärts.
Neben dem Inn wurde die Binnenschiffahrt auch auf dem zweiten großen Fluß Tirols, der Etsch, betrieben. Aufgrund der wirtschaftlichen Voraussetzung konnte dieser Transportweg aber nie diese Dimensionen erreichen, wie die Innschiffahrt. Das Hauptexportgut auf diesem Weg war Holz, das Importgut Getreide. Im Hochmittelalter scheint diese Wasserstrasse bereits stark genutzt worden zu sein, da der Bischof von Trient zu dieser Zeit schon das Schiffahrtswesen auf der Etsch als Lehen vergab. De facto hatte zu dieser Zeit der Ort Sacco das Monopol auf das Warentransportwesen. Dieses Privileg wurde den ÑHolzkaufluten und Guetfertigernì zu Sacco 1584 offiziell von Ferdinand II gewährt.

Die Hauptlende befand sich bei Branzoll, von wo Bozen beliefert wurde. Weitere Lenden fanden sich in Neumarkt, Salurn, St. Michael, Nave San Felice und Sacco.

Neben den beiden großen Flüssen wurden auch andere kleinere fließende Gewässer für die Binnenschiffahrt genutzt, jedoch hatte diese nur lokalen Charakter und ist daher für diese Epoche nur schwer zu rekonstruieren.